Το ανώτατο όργανο της Ο.Κ.Ο.Ε. είναι το Συνέδριο (που συνέρχεται κάθε δύο χρόνια τον Μάϊο) και συγκροτείται από εκλεγμένους αντιπροσώπους από τα σωματεία μέλη.
Η Ο.Κ.Ο.Ε. διοικείται μεταξύ δύο Συνεδρίων από 15-μελές Κεντρικό Συμβούλιο. Μεταξύ δύο συνεδριάσεων η Ο.Κ.Ο.Ε. διοικείται από την Εκτελεστική Γραμματεία (που αποτελείται από τους αξιωματούχους) και την Κεντρική Εκτελεστική Γραμματεία (που αποτελείται από τον Πρόεδρο, Αναπληρωτή Πρόεδρο, Αντιπρόεδρο, Γενικό Γραμματέα, Αναπληρωτή Γραμματέα, Οργανωτικό Γραμματέα, Ταμία).
Το Συνέδριο εκλέγει και τριμελή Εξελεγκτική Επιτροπή που έχει την ευθύνη του ελέγχου των οικονομικών της Ο.Κ.Ο.Ε.
Τα Σωματεία (τακτικά) Μέλη χωρίζονται σε μόνιμες Περιφερειακές Επιτροπές της Ο.Κ.Ο.Ε. που είναι:
- Περιφερειακή Επιτροπή Αττικής = το Λεκανοπέδιο Αττικής, Πειραιάς & Νήσοι
- Περιφερειακή Επιτροπή Στερεάς Ελλάδας = όλοι οι νομοί της Στερεάς Ελλάδας πλην Αττικής και Αιτωλοακαρνανίας
- Περιφερειακή Επιτροπή Κεντρικής Ελλάδας = όλοι οι νομοί της Θεσσαλίας
- Περιφερειακή Επιτροπή Κεντρικής Μακεδονίας : οι νομοί Θεσσαλονίκης, Χαλκιδικής, Κιλκίς, Πιερίας.
- Περιφερειακή Επιτροπή Δυτικής Μακεδονίας – Ηπείρου : οι νομοί Ημαθίας, Κοζάνης, Γρεβενών, Καστοριάς, Φλώρινας, Πέλλας και όλοι οι νομοί της Ηπείρου
- Περιφερειακή Επιτροπή Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης = όλοι οι νομοί της Ανατολικής Μακεδονίας (Σέρρες, Δράμα, Καβάλα) και της Θράκης
- Περιφερειακή Επιτροπή Δυτικής Ελλάδας και Πελοποννήσου = τα Ιόνια Νησιά, η Αιτωλοακαρνανία, όλοι οι νομοί της Πελοποννήσου
- Περιφερειακή Επιτροπή Αιγαίου και Νήσων = όλοι οι Νήσοι του Αιγαίου και η Κρήτη
Το Κ.Σ. πλαισιώνουν οι παρακάτω βοηθητικές Επιτροπές Εργασίας (που έχουν ανοικτό χαρακτήρα):
- Επιτροπή Προβολής Κυπριακού, Δημοσίων Σχέσεων & συνεργασίας με Κυπριακούς & Ελλαδικούς φορείς.
- Επιτροπή Διαφώτισης, Τύπου, Διαδικτύου
- Επιτροπή Εκδηλώσεων, Πολιτιστικών και Αθλητικών δραστηριοτήτων
- Επιτροπή Οργανωτικών, οικονομικών. διαχείρισης και αναβάθμισης του οικήματος της «Κυπριακής Εστίας»
- Επιτροπή Συνδικαλιστικών, Παροικιακών, Εκπαιδευτικών, Προσφυγικών θεμάτων & Αλληλεγγύης & Κοινωνικής Πρόνοιας.
- Ειδική Επιτροπή για το Καταστατικό & το Πλαίσιο Εσωτερικού Κανονισμού της Ο.Κ.Ο.Ε.
Από τον Μάιο του 2002 ιδρύθηκε ως μόνιμη αυτόνομη επιτροπή η Νεολαία Ο.Κ.Ο.Ε. η οποία συμμετέχει στην:
- Νεολαία Παγκόσμιας Ομοσπονδίας Αποδήμων Κυπρίων (ΝΕ.Π.ΟΜ.Α.Κ.)
- Δίκτυα Νεολαίας Συμβούλιου Απόδημου Ελληνισμού (Σ.Α.Ε.).
Η Ο.Κ.Ο.Ε. συμμετέχει στις:
- Παγκόσμια Ομοσπονδία Αποδήμων Κυπρίων (Π.ΟΜ.Α.Κ.),
- Παγκόσμια Συντονιστική Επιτροπή Κυπριακού Αγώνα
(Π.Σ.Ε.Κ.Α.), - Συμβούλιο Απόδημου Ελληνισμού (Σ.Α.Ε.).
Η Ο.Κ.Ο.Ε. συνεργάζεται με Ελλαδικά κινήματα και οργανώσεις αλληλεγγύης και συμπαράστασης στην Κύπρο, και οργανώσεις Ελλαδικών φορέων που έχουν σχέση με την Κύπρο (π.χ. Αγνοούμενοι, ΕΛΔΥΚ-1974, Κομάντος 1974).